Das Zentrum wurde als Interdisziplinäres Zentrum für Frauen- und Geschlechterstudien am 19. November 1996 an der Universität Greifswald gegründet. Es handelte sich dabei um die erste Einrichtung dieser Art in den ostdeutschen Bundesländern seit 1989. Dem ersten Vorstand gehörten Prof. Dr. Doris Ruhe (Sprecherin, Romanistik), Prof. Dr. Mariacarla Gadebusch Bondio (Medizingeschichte) und Anna-Manis Münster an.

Der Gründung des Zentrums waren langjährige Bemühungen engagierter Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler an der Universität Greifswald voran gegangen, die Frauen- und Geschlechterforschung zu institutionalisieren. Auch die Landeskonferenz der Gleichstellungsbeauftragten der Hochschulen und Fachhochschulen und die Landespolitik, die Frauen- und Gleichstellungsbeauftragten der Landesregierung und die Kulturministerin unterstützten diese Bemühungen: Im März 1996 hatte die damalige Kultusministerin des Landes Mecklenburg-Vorpommern, Regine Marquart, der Universität Greifswald empfohlen, „die bereits bestehenden Ansätze der Frauenforschung in einer Weise voranzutreiben, die eine stärkere Ausgestaltung dieser Studien zu einem Forschungsschwerpunkt beinhaltet.“ (Zitiert nach der Broschüre Gender aufgreifen. 10 Jahre IZFG an der Universität Greifswald, S. 7.)

Zielsetzungen des Zentrums lagen bei seiner Gründung sowohl im Bereich der Geschlechterforschung als auch in der Förderung von Frauen in der Forschung und in politischen bzw. beruflichen Gremien. Bereits 1997 und 1998 fanden die ersten beiden interdisziplinären Ringvorlesungen des IZFG statt. 1998 fand unter Beteiligung von Sprecherinnen und Sprechern aus dem In- und Ausland die erste Tagung zur Frauen- und Geschlechterforschung in Mecklenburg-Vorpommern statt. Aus diesen Veranstaltungen gingen bereits erste Publikationen hervor. Neben zahlreichen Veranstaltungen und Projekten, die seitdem im Bereich der Geschlechterforschung durch das Zentrum initiiert und durchgeführt wurden, darunter Ringvorlesungen, nahezu jährliche internationale und interdisziplinäre Tagungen, Studientage und Lehrveranstaltungen, sind auch zwei Postdoc-Kollegs zu nennen, die zwischen 2001 und 2006 am IZFG beheimatet waren und durch Mittel des Ministeriums für Bildung, Wissenschaft und Kultur Mecklenburg-Vorpommern sowie der Frauen- und Gleichstellungsbeauftragten der Landesregierung (heute: Ministerium für Arbeit, Gleichstellung und Soziales) finanziert wurden: Am Postdoc-Kolleg Krankheit und Geschlecht (2001-2004) forschten Nachwuchswissenschaftler_innen aus der Germanistik, der Anglistik und der Medizingeschichte über das Zusammenwirken von medizinischen, literarischen, soziologischen, biologischen und historischen Diskursen bei der Herstellung kultureller Vorstellungen von Krankheit und Geschlecht. Am sich daran anschließenden Postdoc-Kolleg Alter-Geschlecht-Gesellschaft (2005-2006) arbeiteten Wissenschaftlerinnen aus den Disziplinen Anglistik, Neuere und Neuste Geschichte und Community Medicine/Medizingeschichte zum Alter in gesellschaftlichen, kulturellen sowie wissenschaftlichen Diskursen.

2006 wurde das 10-jährige Jubiläum des IZFG gefeiert. Zu diesem Zeitpunkt stand eine dauerhafte Institutionalisierung des Zentrums in Form von (teildenominierten) Professuren und/oder Mittelbaustellen immer noch aus. Umso bemerkenswerter sind die vielfältigen, über Mecklenburg-Vorpommern hinweg sichtbaren Aktivitäten des Zentrums in Forschung, Lehre und Wissenschaftsorganisation zu bewerten. Diese Aktivitäten basieren auf dem umfassenden Engagement einer Reihe von Forschenden und Lehren an der Universität Greifswald, die sich für die Geschlechterforschung engagieren – dies bis heute: Zwischenzeitlich zum Interdisziplinären Zentrum für Geschlechterforschung (IZfG) umbenannt wird dessen Arbeit seit 2013 durch eine Juniorprofessur für Gender Studies, die dem Arbeitsbereich Neuere deutsche Literatur und Literaturtheorie angehört, unterstützt, und durch eine dreiköpfigen Vorstand geleitet. In den letzten Jahren wurden und werden auch weiterhin Tagungen, Ringvorlesungen, Workshops und Publikationsprojekte in Kooperation mit Lehrenden und Studierenden der Universität Greifswald durchgeführt. Mai 2015 wurde Jun-Prof. Dr. Eva Blome zudem Mitglied der Sachverständigenkommission zum Zweiten Gleichstellungsbericht der Bundesregierung berufen. Auf diese und andere Weisen findet also auch ein Transfer der Geschlechterforschung in die Politik und andere gesellschaftliche Bereiche statt.

Bis November 2016 erfuhr das IZfG bei seinen Aktivitäten Förderung durch das Ministerium für Arbeit, Gleichstellung und Soziales des Landes Mecklenburg-Vorpommern im Rahmen der jährlichen Kooperationsverträge. Seit Anfang November 2016 ist das Ministerium für Soziales, Integration und Gleichstellung Kooperationspartner des IZfG seitens des Landes Mecklenburg-Vorpommern. Zudem findet seit drei Jahren eine enge Zusammenarbeit mit dem Alfried Krupp Wissenschaftskolleg Greifswald statt, das das IZfG im Rahmen von miteinander vereinbarten Kooperationsjahren umfassend unterstützt. Zudem ist das IZfG für das Angebot von Lehrveranstaltungen im Modul Gender Studies im Rahmen der General Studies für Bachelorstudierende verantwortlich. Zu jedem Semester wird ein kommentiertes Vorlesungsverzeichnis mit Lehrveranstaltungen im Bereich der Geschlechterforschung herausgegeben.